在生命科学研究中，小鼠模型因其遗传背景清晰、实验操作成熟，是解析疾病机制和筛选生物标志物的重要工具。不同组织（如肝脏、脑组织、心脏等）承载着多样的生物功能，其蛋白质表达谱的变化直接反映生理或病理状态。组织样本在蛋白组层面具有高复杂度和广泛的动态范围，依赖性强的采集策略（如DDA）在覆盖率和重复性方面存在局限。因此，DIA-MS（Data-Independent Acquisition Mass Spectrometry）技术正成为组织蛋白组研究的理想选择，尤其在多组织对比、动态监测与机制研究中展现出独特优势。

一、DIA-MS：组织蛋白质组学的技术变革

DIA-MS是一种全扫描、不依赖预设目标的质谱采集模式，能够在单次运行中捕获所有母离子及其碎片信息。其核心优势在于：

• 数据完整性更强：不会因采集策略随机性而遗漏低丰度信号
• 分析重复性更好：适合进行多样本或时间序列比较
• 深度覆盖更广：可稳定检测数千种蛋白，尤其对低丰度调控因子敏感

对于小鼠组织样本而言，这种全景式扫描策略能够更精准地捕捉不同组织在功能性蛋白表达上的微妙差异，有助于深入揭示组织特异性响应与调控网络。

二、样本制备：组织蛋白组研究的关键一步

小鼠组织蛋白提取的难点主要集中在组织类型间的生化性质差异，如脂质含量、纤维组织比例和膜蛋白分布等。为了最大限度提高蛋白回收率和酶切效率，需根据组织特性优化前处理流程，包括：

• 合理选择裂解缓冲液和匀浆方式
• 严格控制蛋白定量与还原/烷基化条件
• 采用高效蛋白酶切体系，提高肽段生成效率和一致性

在实际应用中，标准化的前处理流程对于DIA-MS的定量精度起着决定性作用，直接影响蛋白覆盖率和数据可重复性。

三、DIA-MS平台策略与分析流程

成功的DIA-MS方案依赖于高性能质谱平台与系统化的数据处理流程。核心要点包括：

1、质谱参数设置

• 选择适用于高通量分析的DIA窗口方案，兼顾分辨率与采集速度
• 利用高分辨质谱（如Orbitrap或TripleTOF）确保肽段识别准确性
• 搭配中等以上梯度长度（如60–90分钟）提升色谱分离度

2、数据分析与定量

• 可采用有库（library-based）或无库（library-free）策略进行数据解析
• 软件工具（如Spectronaut、DIA-NN、Scaffold DIA等）可实现精准的肽段识别与归一化处理
• 结合iRT标准品实现保留时间校准，提高跨样本对齐一致性

从原始数据提取到蛋白定量输出的整个流程，应遵循高一致性、高保真度的标准，以适应下游的差异分析和功能富集。

随着DIA-MS技术的成熟，小鼠组织蛋白组学已突破传统定量的瓶颈，向着高通量、高重复性与多维度数据融合的方向发展。这不仅提升了对疾病机制的解析深度，也加速了生物标志物发现与药效机制研究的效率。百泰派克生物科技致力于提供高质量的DIA定量蛋白质组学服务，覆盖从样本前处理、质谱采集到生信分析的全流程服务。欢迎联系我们获取项目咨询与合作建议。

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

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6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

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